Manja Klemenčič investiga, enseña, asesora y ejerce como consultora en sociología y política de la educación superior, educación superior europea y educación superior comparada. Su principal contribución a la investigación se centra en el estudio de los gobiernos estudiantiles y la representación estudiantil en la educación superior, que forma parte de una agenda de investigación más amplia sobre la agencia estudiantil y los efectos de los estudiantes en la educación superior. Entre sus libros más recientes se incluyen The Bloomsbury Handbook of Student Politics and Representation in Higher Education (acceso abierto) (2024), De los actores a las reformas en la educación superior europea (2022),  The Routledge International Handbook of Student Centered Learning and Teaching in Higher Education (2020) y Enciclopedia internacional de sistemas e instituciones de educación superior (2020). 

Sus tres cursos básicos ofrecidos en Harvard: SOCIOL1104 Sociología de la Educación Superior, SOCIOL1130 Liderazgo Estudiantil y Servicio en la Educación Superior (tráiler) y GENED1039 Educación superior: estudiantes, instituciones y controversias — han ganado en repetidas ocasiones los premios de Harvard a la excelencia docente. Por sexta vez consecutiva, fue votada por las publicaciones del anuario de Harvard como una de las profesoras más influyentes por la promoción que se graduaba (2019, 2020, 2021, 2022, 2023 y 2024).  En 2020, recibió el premio John R. Marquand a la excelencia en el asesoramiento y el apoyo a los estudiantes, y en 2021, fue galardonada con el Premio Phi Beta Kappa Alpha-Iota a la Excelencia en la Enseñanza en el Harvard College, Facultad de Artes y Ciencias.

Desde 2014, Klemenčič es redactor jefe de European Journal of Higher Education (Routledge Education, Taylor & Francis) y, desde 2015, como coeditor de la serie de libros académicos Comprender las experiencias de los estudiantes en la educación superior (Bloomsbury) y, desde 2022, como coeditor de la serie de libros Higher Education Dynamics (Springer).

Manja colabora habitualmente como evaluadora y consultora para organizaciones internacionales, entre ellas la Comisión Europea, el Banco Mundial y la UNESCO, así como para gobiernos nacionales, organismos de investigación y agencias de garantía de calidad. Es coautora del informe analítico Cartografía y análisis de las prácticas de aprendizaje y enseñanza centradas en el estudiante: conocimientos útiles para apoyar una educación superior más inclusiva y de alta calidad (Oficina de Publicaciones de la Unión Europea, 2020). Entre 2022 y 2024, participará como miembro de un grupo de expertos en un estudio para la Comisión Europea en el que se evaluará el potencial transformador y el impacto de la Iniciativa Universidades Europeas. En Harvard, es copresidenta de la serie de seminarios del Centro Mahindra titulada: Universidades: pasado, presente y futuro, y miembro del Consejo de Libertad Académica de Harvard.